Era la capital religiosa de los Chibchas del Zipazgo, en cuya laguna sagrada, templo máximo de su veneración a Chie, el agua, celebraban la más pomposa de sus ceremonias que dio origen a la leyenda del Dorado. Guatavita en lengua chibcha quiere decir fin de la labranza o punto de la sierra, según Acosta Ortegón. 

El primitivo pueblo de Guatavita tenía asiento al pie del cerro de Montecillo, a cuyo alrededor estaban las capitanías de Chaleche, Tuneche y Tuminé; la principal industria era la orfebrería, sobresalieron como los mejores y los hábiles pues "Sabían fundir el oro y amoldarlo" El fundador del nuevo pueblo fue el oidor Miguel de Ibarra, el día 18 de marzo de 1593 cuando por auto les hizo adjudicación de las tierras.

El 27 de septiembre de 1639 en la visita del oidor Gabriel de Carvajal, siendo cura fray Francisco Chacón de la orden de Santo Domingo, fue a ver las tierras para saber lo adjudicado a los indios, en cuya posesión los amparó. El 3 de febrero de 1758 inició visita el oidor Aróstegui y Escoto. La población era de 1.264 de los cuales 221 eran tributarios. El Censo de vecinos dio 480 personas en 160 familias. El 1º de marzo de 1771 en visita del Corregidor José María Campuzano y Lanz se empadronaron 1.577 indios, de ellos 333 tributarios. 

Era cura Juan Tomás de Fresneda y había 214 cabezas de familia de blancos y 1.064 personas. Conforme a Cédula Real de 1567 se nombró prior para Guatavita a Fray Sebastián de Morales, también se fundó el convento de Guatavita, que se llamó San Pedro Mártir. El priorato duró hasta 1584 en que quedó como vicaría. Por cédula real de 27 de diciembre de 1767 la parroquia fue entregada en 1768 al clero secular en cambio por la de Chiquinquirá. No se sabe cuando se erigió en parroquia de blancos.

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Desde un principio aparece como capital de Cantón y de provincia hasta 1930, cuando se suprimió esta jerarquía político-administrativa, categoría que conservó hasta que desapareció bajo las aguas el 15 de septiembre de 1967. La construcción del nuevo pueblo comenzó el 14 de noviembre de 1964 por la firma Llorente & Ponce de León Ltda., en agosto de 1967 comenzó la mudanza. La Ciudad consta de 2 partes la familiar que es un conjunto de casas simétricas donde vive la población nativa y la pública o cívica donde están los edificios del Gobierno, plazas, almacenes, restaurantes, iglesia. etc., algunas reliquias se guardan en el "Museo Parroquial".

El lago que se hizo en el valle del Tominé o Guatavita se llama "Embalse de Guatavita y presa de Sesquilé", abarca los municipios de Guasca y Sesquilé, tiene una longitud de 18 kmts. Por 4 de ancho y 38 metros de profundidad, con capacidad para 630 millones de metros cúbicos de agua. El objetivo es regular el volumen de aguas del río Bogotá con relación a las necesidades de la hidroeléctrica del Salto del Tequendama, detener inundaciones de la Sabana y suministrar agua en la planta de Tibitó para el acueducto de Bogotá.