La cuenca del embalse de Tominé se encuentra en la parte alta de la cordillera oriental, en un gradiente altitudinal que va desde los 2.580 msnm en el espejo de agua, hasta los 3.600 msnm. Esta localización determina la presencia de un gradiente climático y la localización de diversos ecosistemas, tales como páramo y bosque alto andino. Los procesos de colonización y deasentamiento humano en la cuenca, en asocio con las actividades de desarrollo, han llevado a modificaciones del régimen de circulación y de la calidad del agua. La construcción de poblaciones como Guatavita y el incremento de las actividades agrícolas y ganaderas, ha inducido cambios en la cobertura vegetal y con ello en los procesos naturales del ciclo hidrológico en la cuenca.

 A esto se suma el manejo que se ha hecho del recurso agua y la utilización de los drenajes como vertedero de aguas residuales domésticas e industriales (cultivos de flores).En la actualidad ya se observan procesos acentuados de erosión originados inicialmente por la pérdida de cobertura vegetal y acelerados por la praderización y explotación ganadera. Al reconocer que la problemática ambiental de una cuenca de captación se ve reflejada en las características físico-químicas y biológicas de los ecosistemas acuáticos de la misma, es claro que el análisis de dicha problemática debe ser abordada desde un punto de vista ecosistémico,tomando como unidad mínima la cuenca de captación y no sólo el cuerpo de agua. Se aborda la problemática del deterioro del embalse desde el punto de vista del análisis ecológico de la cuenca de captación y del mismo embalse, involucrando los componentes físico, biótico y socio-ambiental. 

Después de utilizar 16 criterios diferentes tanto físicos, químicos como biológicos de clasificación trófica, se observa que son muy pocos los índices que clasifican al embalse de Tominé en un nivel EUTRÓFICO, y que en el caso en que se presente, éste corresponde a sectores localizados del mismo, especialmente al sector de la cola. En conclusión, el embalse en casi toda su extensión mantiene características OLIGOTRÓFICAS. Niveles de productividad altos, MESOTROFIA y EUTROFIA, se presentan en el sector por el cual recibe los mayores aportes de su cuenca de captación, cola del embalse. Se destacan el aporte de aguas residuales del municipio de Guatavita y frente a la desembocadura de la quebrada El Muña que drena áreas de cultivo y su cuenca presenta alta concentración de viviendas.

Los sectores restantes del embalse, que corresponden al “cuerpo” y la presa, muestran un estado de OLIGOTROFIA. Los nutrientes y materia orgánica vertidos al embalse determinan los niveles altos de fósforo y nitrógeno, que a su vez condicionan los demás procesos biológicos, que marcan la calificación de sectores del embalse en un nivel eutrófico (sector de la cola).ICTIOFAUNA DE LA LAGUNA YAHUARCACA